biostatVAS

Dernière mise à jour le 12 juin 2024
Contact :

Site d'enseignement en Biostatistique de VetAgro Sup - Campus Vétérinaire de Lyon

Site maintenu par Marie Laure Delignette-Muller (enseignante en biostatistique)
avec la contribution de Karine Chalvet-Monfray (enseignante en biostatistique et épidémiologie)
et Emmanuelle Gilot-Fromont (enseignante en épidémiologie et médecine préventive)

Méthodes de base - Graphes - Modèles de régression - Autres méthodes d'analyse - Méthodes pour l'épidémiologie - Inférence bayésienne - Divers

Programme de la formation mutualisée de biostatistique de janvier
Les inscriptions seront ouvertes début septembre 2024 pour la session de janvier 2025

Ressources pédagogiques partagées (en français ou "in English")

BIOSTATISTIQUE (méthodes de base) : polycopié de cours, un guide R, (l'ancienne version du guide R - sans ggplot) un aide-mémoire pour l'utilisation des tests (+ diapos associées)
et des diaporamas sur la statistique descriptive, l'estimation statistique, le principe des tests statistiques, les comparaisons de fréquences et distributions, les comparaisons de moyennes, la corrélation linéaire, la régression linéaire simple, le calcul de puissance.
PROGRAMMATION ET REPRESENTATION DES DONNEES AVEC R : exercices d'introduction à la programmation R et à la représentation des données avec ggplot2 (avec fichier de données associé), diaporama d'introduction à l'utilisation de graphics et ggplot2, guide d'utilisation de graphics, guide de manipulation de données et automatisation de leur analyse avec R (non actualisé depuis 2012).
MODELES DE REGRESSION

Introduction à la modélisation et formalisation d'une question de modélisation: diaporama et fiche d'aide (avec lexique) associée.

Le modèle linéaire : diaporama, "an introduction to linear models", guide R, difficulté de prise en compte des facteurs de confusion.
Le modèle linéaire généralisé (introduction à la régression logistique) diaporama.
Le modèle linéaire mixte : diaporama, guide R (avec lmer() du package lme4).
Introduction à la régression non linéaire ("introduction to non linear regression") : diaporama, "link to the nlstools vignette".
"How to build and interpret regression models" : slides

AUTRES METHODES D'ANALYSE DE DONNEES

Données longitudinales (ou mesures répétées dans le temps) : diaporama.
Données de survie : diaporama, guide R.
Données censurées à gauche (en dessous d'une limite de quantification) : diaporama.
Ajustement de distributions avec prise en compte des données censurées ("fitting of distributions taking into account censored data") : spécification d'une loi de distribution (non actualisé depuis 2012), "link to the fitdistrplus package vignette and its FAQ".
Séries chronologiques : diaporama (non actualisé depuis 2015)
Analyses mutltivariées : introduction et analyse en composantes principales (ACP - diaporama 1), analyse factorielles des correspondances, analyse des correspondances multiples, analyses mixtes, analyse discriminante, classification (AFC, ACM, AFD, ... - diaporama 2).

METHODES POUR L'EPIDEMIOLOGIE ("methods for epidemiology") : diaporamas sur les études longitudinales, les études de cohorte et cas-témoin, l'épidémiologie prédictive et mathématique, le taux de reproduction de base, "an introduction to R for epidemiologists", "an introduction to R0 estimation", un guide R (non actualisé depuis 2016), un aide-mémoire.
INFERENCE BAYESIENNE (Bayesin inference) : "main probability distributions", "introduction to Bayesian inference in ecotoxicology" (not updated since 2014), introduction to the use of JAGS et rjags, choix des distributions a priori,
et guide d'utilisation de JAGS et rjags.
DIVERS AUTRES POINTS METHODOLOGIQUES